Sari jätkub peale esimest hooaega. Dr Theo Yedlin - uus elanik Wayward Pinesis - ärkab äkki üles Wayward Pinesis keset mässu. Ta üritab mõista mis koht see Wayward Pines tõesti on ning asub kaasa aitama inimrassi säilimisele.
Theo üritab aru saada oma uuest elust linnas ning eriti oma uuest naisest Rebeccast. Ta asub tõe jahile ning pöördub vastuste saamiseks linna uue juhi poole, Jason Higginsi. CJ Mitchum on see isik, kes suudab pakkuda vastuseid praeguse Wayward Pinesi linna osas ja ühiskonnast kus inimesed elasid.
Saame teada miks just Jason Higgins valiti linna liidriks. Vahepeal aga osutub õde Pam väga suureks ohuks linnale. Theo aga jätkab vastuste otsimist ja kaevub aina sügavamale, et saada vastust küsimusele, miks just tema osutus väljavalituks.
Xander naaseb Wayward Pinesi ja toob endaga kaasa midagi ootamatut, kes aitab Abbie kavatsusi mõista. Rebecca püüab aidata Lucyt, kes üritab põgeneda. CJ juhatab vapra rühma aia taha, ehkki Theo on vastu.
Rebecca meenutab esimest kohtumisst Pilcheriga ja Wayward Pinesi loomislugu paljastub. Theod vapustab Rebecca saladus. Teresa tahab elada väljaspool müüre ja Megan teeb katseid tabatud naisega.
Abbied ründavad CJ-d, mis seab Teresa suurde hädaohtu ja jätab linna toiduvarud ohtlikult madalaks. Theo rajab triaažiüksuse, kuid ei suuda lappida oma abielu Rebeccaga. Jason kahtleb Xanderi juhivõimetes.
Theo ja Megan ei ole ühel nõul Abbiede intelligentsi osas, kui arst üritab nende liidriga suhelda. Alahindamise tagajärjed on surmavad. CJ mõtleb järele oma elu ja suure vastutuse üle sajandite vältel.
Theo teeb koostööd Hassleriga, et leida Abbiede põgenenud juht. Xander nõuab Rebeccalt aru ja Jason kuuleb Kerry kohta halba uudist.
Pilcher leiab väljavalitu. Abbiede lähenedes langetab Jason saatusliku otsuse. Theo ja Xander peavad erimeelsuses unustama ja inimkonna päästma.
Abbied tungivad linna ning Theo on sunnitud langetama otsuse, mis on kaalukeeleks inimkonna saatuse määramisel.
