Hooaja avaosas kerkib üles mitmeid vihjeid, et eelnevalt surnuks peetud Michael võib siiski elus olla. Michaeli vend Lincoln ja abikaasa Sara hakkavad planeerima seriaali seni suurimat põgenemist. Oma panuse annavad ka Fox Riveri vangla kolm kõige kurikuulsamat põgenikku Sucre, T-Bag ja C-Note.
Lincoln ja C-Note otivad "Valguse šeiki", sellal kui Michael ja tema kongikaaslane Whip üritavad Ogygiast põgeneda. Sara uurib Michaeli väljailmumist ja see viib ta välisministeeriumisse, kus leiab aset taaskohtumine Paul Kellermaniga.
T-Bag varitseb Sarat ja hoiatab teda, et kaks Poseidoni käsilast, Van Gogh ja A&W, võivad teda jälitada. Lincoln üritab saada tagasi oma konfiskeeritud passi, et Jeemenist põgeneda. Michael kavandab oma järgmist sammu.
Michael, Whip ja Ja üritavad viimast korda Ogygiast põgeneda, ent peavad selleks saatanale sõrme ulatama. Lincoln jookseb ajaga võidu, et põgenemisel abiks olla. T-Bag kohtub Kellermaniga, et saada rohkem infot Michaeli väljailmumise kohta.
Lincoln pettub, kui ta üritab mõista, mis Michaeliga tegelikult juhtus. C-Note'il on uus põgenemisplaan, kuid ta kardab, et seda ei teostata piisavalt kiiresti, sest Cyclops on tihedalt ta kannul. Samal ajal võitleb Sara ideega, et Michael võib veel elus olla
Kui Michael, Lincoln ja allesjäänud Ogygia gäng üritavad Jeemenist põgeneda, leiavad nad end kõrbest kättemaksuhimulise Cyclopsi eest põgenemas. Samal ajal seavad A&W ja Van Gogh enda rollid küsimuse alla, sest põgenike jälitamine viib neid... Gracelandi.
Sara hakkab oma perekonna turvalisuse pärast muretsema, kui avastab tõelise põhjuse, miks Michael oma surma teeskles. Samal aja otsivad Michael ja Lincoln Sucre abiga võimalust koju pääsemiseks ning selgub Poseidoni tegelik identiteet.
Kui Sara ja ta poja ohutust ähvardab oht, värbavad Michael ja Lincoln Sheba ning C-Note'i appi Poseidonit püüdma. Samal ajal läheb Whip eraldi missioonile ning T-Bag paljastab suure saladuse.
Ohtlikud ähvardused hoiavad Michaeli ja Lincolni Sara ning Mike'i kaitseks võitlemas. Samal ajal jätkab Poseidon katsetega Michaeli ja ülejäänud meeskonda üle kavaldada, mis viib nad lõpliku lõppvaatuseni, millest kõik eluga ei pääse.
Haududes Whistlerile ja Gretchenile kättemaksu Sara surma eest, saab Michael Los Angeleses uskumatu uudise teada. Mahone saab laastava kaotuse osaliseks. Michael ja Lincoln saavad oma grupiga uuesti kokku ning sisejulgeoleku agent teeb neile pakkumise, millest ei saa keelduda.
Scylla kaardist koopia saamiseks peab grupp sisse murdma Kompanii liikme Tuxhorni hästivalvatud koju; T-Bag kasutab eelujäämiseks ekstreemseid meetodeid.
Michaelil ja ta meeskonnal on üks päev järgmise kaardiomaniku leidmiseks. Vastasel juhul võivad nad minna tagasi vanglasse. Mahone soovib kättemaksu Wyatt'ile, kes üritab saada teavet Sara asukoha kohta, samal ajal kui T-Bag leiab võimaluse oma uuele identiteedile ja tulevikule.
Järgmise kaardivõtme saamiseks peavad Michael, Lincoln ja Sucre politsei heategevusõhtule sisse imbuma. Sara langeb taas vana harjumuse küüsi, püüdes veel ühest surmast toibuda. T-Bag äratab kahtlusi ning jookseb esimesel tööpäeval kokku mõnede vanade "semudega”.
Järgmise kaardivõtme otsingud viivad Michaeli ja Lincolni riigikassa osakonda. Sucre ja Bellick jälitavad T-Bagi, kes äratab kahtlusi ning moodustab oma uuel töökohal ebameeldiva liidu. Wyatt kasutab Gretcheni peal personaalset lähenemist.
Michael ja tema grupp jälitavad olulist kaardiomanikku võidusõidurajale, samas kui Mahone jääb millegi väärtuslikuga vahele. Gretchen taaskohtub oma perega ning Self satub Wyatti radarile. T-Bag asub Whistleri koodi lahti murdma.
Lincoln viib oma meeskonnaliikmed Las Vegasesse, kus Sucre saab riivatu ettepaneku. Sara saab Michaeli seisundist teada ning Roland mängib oma õnnega. Gretchen ühendab jõud T-Bagiga, kes teeb Michaelile vastupandamatu pakkumise. Samal ajal paljastatakse lõpuks Whistleri linnuraamatu saladused.
Lincoln ja Sucre võtavad sihikule Pad Mani, et saada kuuendat ja viimast kaardivõtit; Gretchen annab Sarale võimaluse arved klaarida. Michael ja Roland sõlmivad kumbki saatanaga kokkuleppe, samal ajal kui üks meeskonnaliige võetakse sihikule.
Wyatt saab maitsta oma töö vilju ning Mahone leiab veidi südamerahu. T-Bag pusserdab, kui politsei uurib tema kadunud kaastöötaja asja, samal ajal kui Gretchen läheneb ühele Kompanii liikmele. Michaeli seisund halveneb jätkuvalt ning üks meeskonnaliige toob ülima ohvri, plaanides Scylla nimel maa-alust sissemurdmist.
Michaeli tervislik seisund sunnib Sarat teda haiglasse viima ning Sucre ja Lincoln satuvad plahvatuslikku olukorda. Mahone'il on Kompanii arhitekti paanid, agent Self kohtub aga üllatava liitlasega.
Michael jookseb võidu aja ja oma halveneva tervisega ning murrab Scylla varastamiseks Kompanii peakorterisse sisse, kuid ettevõtmise edu sõltub Sucre'ist. Gretchen lööb end Kindraliga kohtumiseks üles, et üritada veel ühe korra viimast kaardivõtit kätte saada. T-Bag peab tegema otsuse oma kriminaalikarjäär lõplikult hüljata.
Scylla otsingud saavad šokeeriva lõpu, kui Sara võtab pantvangi. T-Bagil ja Gretchenil on Väravas viimane vastasseis; Michael ja Lincoln kohtuvad näost-näkku Kindraliga ning nad reedetakse oma meeskonnaliikme poolt.
Kui üks meeskonnaliige nad reedab, peab Michael meeskonna taas liitma. T-Bag leiab uue partneri, kes kasutab Gretcheni peal väljapressimist, et too Scyllale ostja leiaks.
Michael ja Lincoln kiirustavad, et Scylla Gretcheni käest tagasi saada ning naise uus partner on samavõrra motiveeritud vendadelt mõistatuse puuduva osa kättesaamisest. Samal ajal kohtub Mahone vana kolleegiga, kes ei suuda kohusetunde ja sõpruse vahel valida ning T-Bagi usk pannakse Gretcheni perekonna pantvangis hoidmise ajal proovile.
Michael saab meditsiinilist abi kõige ebatõenäolisemast kohast ning Charles Westmoreland naaseb, et aidata Scylla tegelikku tähendust avastada. Samal ajal kiirustavad Lincoln ja Sucre, et takistada Gretchenit Scyllat lõplikult hävitamast.
Lincoln ja tema uus paariline saabuvad Miamisse, et vabastada Scylla uue šokeeriva omaniku käest; Sara otsib kadunud Michaelit; Michael saab teada üllatava tõe oma mineviku kohta. Samal ajal viib reetmine surma ja arestini.
Pöidlaküüdiga Miamisse reisides saavad Michael ja Sara teada hääletamise ohtudest; Lincoln kohtub Christinaga, kes informeerib Lincolni oma plaanist Kompanii üle võtta. Samal ajal teeb uus vaenlane Pad Mani elu keeruliseks ning T-Bagi ja Selfi Scylla-otsingud viivad ootamatu avastuseni.
Michael ja Lincoln astuvad Scylla nimel üksteise vastu, samal ajal kui Christina tellib tapmise ning laseb oma plaani käiku. Sara saab ootamatuid uudiseid, T-Bag teeb India saatkonnas stseeni ja Pad Mani paranoia põhjustab surma.
Michaelil on ebameeldiv taaskohtumine Christinaga, kes avaldab Lincolni kohta šokeerivat infot. Lincoln kiirustab, et peatada Christina surmav plaan. T-Bag peab tõestama, et ta on Kompanii liige.
Tapmisele järgneb hotellis kaos nng Christina seab paika oma plaani viimased elemendid. Samal ajal viib Kindral oma ähvarduse ellu ning Michael peab valima, kas päästa Lincoln või Sara.
Hooaja lõppmängus naaseb tuttav nägu, et aidata Michaelit tema viimasel katsel Scylla õigetesse kätesse usaldada ja Kompanii lõplikult laiali lammutada.
Michael klaarib emaga arved ning saab Kellermanilt kahtlaselt hea abipakkumise.
Michaeli ja Sara vastleitud õnn jääb üürikeseks, kui Sara leiab end peatselt vanglast ning Michael peab ta sealt välja päästma, enne kui kättemaksuhimuline Krantz ta tappa laseb.
Michael korraldab Sara vabastamiseks oma viimase vanglapõgenemise, kuid Sara peab Michaeli ära ootamiseks ka ellu jääma.
Hooaja avajaos leiab Michael end põrgulikest tingimustest Panama Sona vanglast, kus eelnenud mäss on kõik ametivõimud minema peletanud ning jätnud vangid ise oma elu (ja surma) eest vastutama. Michael, kelle lähedaste elud on ohus, peab leidma Whistleri, salapärase kaasvangi, kes peidab end vangla kanalisatsioonisüsteemis, et ta väljapääsmatust vanglast põgenema aidata. Samal ajal otsib Lincoln taga kadunud Sarat ning saab LJ kohta murettekitavaid uudiseid.
Michael kiirustab, et leida peitu pugenud Whistler enne Mahone'i; vanglast väljaspool vihjeid otsiv Lincoln kohtub ühe vana sõbraga ning leiab ühe uue sõbra: T-Bag nihverdab end Lechero soosingusse, kuna vangid ähvardavad veepuuduse tõttu mässu korraldada.
Michael on nõuks võtnud Saraga rääkida ning ta saab appi T-Bagi, et kasutada Sona ainsat telefoni, mis on Lechero valduses; Lincoln teeb julge päästmiskatse; Whistler puistab Michaelile südant, samal ajal kui Mahone tunneb kiusatust halva kombega taastutvust teha; Bellick saab omale uue vaenlase, kui üritab tagasi jalule saada.
Pärast läbikukkunud katset LJ ja Sara päästa saab Lincoln Kompaniilt surmaähvarduse; Michael mõtleb välja elektrilise põgenemisplaani Sonast; Mahone'i kummitab nägu minevikust ning T-Bag ronib võimuredelil ülespoole, kui Bellicki ja Lenchero jalgealune kuumaks läheb.
Sonasse saabub uus vang, kes ajab Whstleri ärevile ning muudab Michaeli kahtlustavaks; Lincoln plaanib Sofiaga üle ookeani pageda, samas kui Susan nihutab põgenemisgraafiku ettepoole; T-Bag narrib koos oma värskeima silmarõõmuga saatust ning Sucre püüab kaupa Sonasse organiseerida.
Kui üks vangidest leitakse surnuna, saab Whistlerist peamine kahtlusalune ning Michael peab mehe elu päästmiseks ta süütust tõestama; Michael nõuab Susanilt põgenemisplaanide katkijätmise ähvardusel tõendeid, et Sara on elus; Lincoln ja Sofia jälgivad valvurite hommikurutiini; Mahone saab pakkumise, mis võib tagada talle väljapääsu Sonast. Kaheosaline eriepisood.
Michael püüab tulutult pääseda oma duellist Whistleriga. Lechero teatab, et meestel ei jää muud üle kui võidelda. Lincoln ja Sucre püüavad takistada LJ tapmist.
Susan võtab põgenemisplaani oma kätesse, jättes Michaeli eluohtlikku olukorda; Lenchero paljastab Sona alla maetud saladuse; Sofia avastab veel mõndagi Whistleri minevikust; Mahone'i vabadus sõltub tema tunnistusest ning Lincoln ja Sucre on Kompanii poolt sihikule võetud.
Pärast Panama sõjaväe kohta kahtluste tõstatamist higistab Michael Sona-stiilis üksikvangistuses, samal ajal kui Bellick võitleb oma elu eest. Susan seab sihiku Sucre'ile samal ajal kui T-Bag plaanitseb põgenemisplaaniga ühinemist.
Kui Lechero kaotab Sonas võimu, põhjustab Sammy Michaeli põgenemisplaani kokkuvarisemise. T-Bag sunnib Bellickit veel ühele võitlusele, mis jääb tõenäoliselt mehele viimaseks. Lincoln ja Sucre plaanivad Susanile plahvatuslikku lõppu.
Tugev vihm sunnib Michaelit oma plaani varasemaks nihutama ning Sonast samal õhtul põgenema. Põgenikega ühineb veel üks vang; T-Bag ja Lechero loovad liidu, samas kui Bellick loodab Mahone'iga kampa lüüa. Lincoln ja Sucre aitavad Sonas elektri välja lülitada.
Michael, Whistler ja McGrady põgenevad Sonast, kuid kõik ei kulge plaanipäraselt ja vahetusel tekib probleeme.
Michael ja Lincoln peavad Whistleri Susanile üle andma, et nad saaksid päästa LJ ja Sofia elu; Mahone haarab kinni kuldsest võimalusest; T-Bag näitab Sonas, kes on boss ning veel üks inimene lahkub Sonast laibakotis.
Kaheksa tundi pärast Fox Riveri vanglast pagemist põgenevad Michael, Lincoln, Sucre, Abruzzi ja C-Note elu eest, kuna kättemaksuhimuline Bellick juhatab põgenikke otsivate vangivalvurite rühma; dr Sara on üledoosi tagajärjel eluhtlikus seisundis; Veronica avastab, et ta on koos Terrance'iga vangistatud; T-Bag püüab ametivõimude eest põgenedes eelisseisu jääda; uus juhtumi üle võtnud FJB uurija on Scofieldile võrdväärne vastane.
Mahone kasutab LJ-d söödana Lincolni ja Michaeli lõksupüüdmiseks; T-Bag taaskohtub oma kaotatud käega ning meeleheitlikus kohtuhoone päästeoperatsioonis satuvad vennad oma jälitajaga silmitsi.
Michaelil ja Lincolnil on probleeme autoga, kui Mahone'i eest põgenemine lõpeb leekides; Sucre asub teele, et takistada Maricruzi riskeerimast; C-Note on võtnud nõuks jälgimisest hoolimata oma naise ja tütarde juurde minna; tuttav nägu hoiab Saral hoolsalt silma peal ning Sara, taibates oma õnne pöördumist, püüab põgenemisest kasu lõigata; Bellick lööb käed ebatõenäolise liitlasega.
Bellick lööb Michaeli, Lincolni ja Nikaga kampa lootuses leida Westmorelandi peidetud 5 miljonit dollarit; üks pere tutvub pöidlaküüdiga seotud riskidega, kui nad võtavad peale hätta jäänud T-Bagi; Abruzzi naaseb pere rüppe ning on otsustanud Fibonoccile kätte maksta; Kellerman läheneb Sarale, kes saab oodatud telefonikõne ning Mahone saab lõpuks oma sihtmärgi kätte.
Mahone huvitub äkitsi D.B. Cooperi „müüdist” ning saab FJB peakorterisse erisaadetise; Michael ja Lincoln on võtnud nõuks leida esimesena Westmorelandi Double K rantšo Utah' osariigis; T-Bag loodab, et mälu ei vea teda alt; C-Note'i rongireis ei kulge sujuvalt; Sucre kihutab ajaga võidu Las Vegasesse Maricruzi laulatust peatama; Kellerman saab jala (Sara) ukse vahele.
Michael ja Lincoln alustavad Utah's majajahti, et leida Westmorelandi peidetud raha; T-Bag näitab üles hoopis omalaadset lõunaosariikide külalislahkust; Haywire ilmub lõpuks uuesti välja; Sucre avastab tee peal tuttava näo; Mahone'i huvi D.B. Cooperi legendi vastu viib ta põgenikele lähemale.
Lincoln on võtnud nõuks taasühineda LJ-ga, kes ei usu oma head õnne Arizonas. Michaeli, C-Note'i, Sucre'i ja T-Bagi aardejaht tasub end viimaks ära. Kellerman mõtleb ümber just siis, kui Kompanii on Sara sihikule võtnud; Mahone sunnib Tweenerit surmavat valikut tegema.
Viie miljoni võrra vaesemana ja politsei sabas, viib Michaeli ja Sucre'i ainus põgenemistee üle jõe… Vees peidab end aga surmalõks; Lincoln taasühineb LJ-ga ning Saral ja Kellermanil on käsil võidujooks Michaeli poolt maha jäetud vihjete kokkusobitamiseks.
Michael külastab Mahone'i eksabikaasat ning saab mehe süngele saladusele jälile. Bellick varitseb T-Bagi ega peatu enne, kui on raha asukoha teada saanud; tundub, et Lincoln ja LJ on jõudmas teekonna lõppu.
Michaeli ja Sara taaskohtumine on kõike muud kui romantiline, kuna Mahone ja Kellerman on otsustanud neid lahus hoida - igavesti; Lincoln saab abi isafiguurilt, kui LJ kohtub kaua kadunud sugulasega; Sucre plaanib Maricruziga põgeneda ning T-Bag kohtub tuttava näoga, kelle käes on tema vabadusse pääsemise võti.
Lincoln peab taas ühe armastatuga hüvasti jätma, püüdes Michaeliga taas kokku saada; Michaeli plaani põgenemiseks lennuk hankida saadab edu; Mahone muugib lahti olulise mõistatuskillu; T-Bag maksab oma piinajatele kätte; Saral ja Kellermanil on näost-näkku kohtumine, mis jätab ühe neist viimase hingetõmbe lävele.
Taaskohtumine perekonnas äratab valusaid mälestusi Michaeli lapsepõlvest; Mahone jälitab vigastatud Koiotti, kes juhib ta põgenemislennukini; C-Note saab halba ravimit maitsta; Bellick ja Kellerman tõmmatakse oma naiste poolt liistule.
T-Bag hullub, püüdes kadunud proua Hollanderi üles leida. Sucre'i põgenemisplaani tabab surmav turbulents. Fox Riveri vanglasse naastes pöördub Bellicki õnn. Michael ja Lincoln võetakse kinni tagasiviimiseks Fox Riverisse ning Kellerman võtab kasutusele drastilised meetmed, et mehed jõuaksid oma kongide asemel surnukuuri. Üllatav liitlane muudab mängu kõigi jaoks.
Michaeli, Lincolni ja Kellermani teekonnale jääb mitmeid teesulge, ku nad üritavad kaitsealust Terrance steadmani kinni püüda; Mahone'i perekonda tabab tragöödia; Bellicki jaoks läheb asi hapuks, kui kaasvang talle läheneb; C-Note kogeb elu põgeniku ja üksikvanemana, T-Bag sunnib Hollanderi perekonda endaga kodu mängima.
Michael, Lincoln ja Kellerman võtavad raadiolained pantvangi, üritades ametivõimude eest kõrvale hoida ning kadunud Sarale teadet saata; Bellickile on Fox Riveri haiglaosakonnas üllatuskülaline; Haywire ilmub välja ja satub uutesse pahandustesse; Sucre viib oma hea samariitlase sõidule.
C-Note peab valima oma tütre tervise ja noore ettekandja elu vahel, kui nende einestuspaika röövitakse; Kellerman lahendab Sara võtme mõistatuse, kuid tegemist võib olla Michaeli ja Lincolni seatud lõksuga; Mahone teeb Bellickile ja Haywire'ile pakkumise, millest ei saa keelduda.
Michael ja Sara taipavad, et vanglalülem Pope (külalisnäitlejana Stacy Keach) on võti, mis viib "Kompaniid" hävitava infoni; Mahone surub veel ühe põgeniku nurka; C-Note kardab oma tütre elu pärast; olles teel Maricruzi juurde, tutvub Sucre pöidlaküüdi kasutamise ohtudega; T-Bag jalutab mälestuste radadel, kui viib Hollanderi perekonna oma lapsepõlvekodu vaatama.
Lincoln, Michael ja Sara leiavad vajalikud tõendid vandenõuteooria paljastamiseks; Mahone sunnib üht põgenikku Michaeli ja Lincolni välja meelitama; T-Bagi külaskäik psühhiaatri kabinetti on palju enamat kui terapeutiline; Bellick suunatakse piirist lõuna poole ning Kellerman võtab presidendi sihikule.
Samal ajal kui Kellerman valmistub tapmiseks, on Michael võtnud nõuks president liistule võtta ning paljastada lindile võetud saladused. Mahone mängib Saraga pingelist ootamismängu. T-Bagi kadunud pagas võib osutuda Bellickile ja Sucre'ile sülle kukkunud õnneks. C-Note'i drastilised meetmed jätavad mehe ootele.
Sara kaalub enese ohverdamist, et Michael ja Lincoln saaksid vabadusse purjetada; lõunapool piiri jätkub T-Bagi hirmuvalitsus, samas kui Bellick sunnib Sucre'it puuduolevat raha üles otsima. Mahone peab oma tegude tagajärgedega viimaks silmitsi seisma; üks põgenik maitseb viimaks vabadust.
Michael on võtnud nõuks T-Bag kätte saada samamoodi nagu Bellick on võtnud nõuks miljonid endale krahmata. Lincolni ja Mahone'i vahel leiab aset vastasseis; Sara kohtutund on tulnud, kui Kellerman otsustab iseenda saatuse üle.
Michael tormab ajaga võidu, et päästa Lincoln ning võita Mahone'i tema enda lõppmängus; Sucre riskib eluga, et päästa kadunud Maricruz; Kellermani tunnistus Sara kohtuistungil osutub surmavaks; T-Bag ja Bellick leiavad end viimaks Panama jõest.
Lincoln Burrow ootab surmanuhtlust tahtliku tapmise eest, kuid tema noorema venna Michaeli arvates on mees süütu. Kuna muud võimalust ei ole ning aeg hakkab otsa saama, võtab Michael kasutusele äärmuslikud meetmed, et sattuda venna juurde vanglasse. Vanglas asub Michael, kes on erialalt ehitusinsener ja omab vangla ehitusplaane - ellu viima keerukat plaani, et Lincolniga vanglast põgeneda ning tema süütust tõestada.
Samal ajal kui vanglas tihenevad rassidevahelised pinged ning Veronica süveneb Lincolni süüasja, püüab Michael hankida ravimit, mis tagaks talle positiivse diabeeditesti tulemuse ning võimaldaks hankida suure poldi, mida ta saaks oma põgenemisplaanis kasutada.
Aeg hakkab otsa saama ning Michael peab oma keeruka põgenemisplaani elluviimiseks appi saama oma kongikaaslase Sucre'i. Sucre ei taha aga loos osaleda ning palub end teise kongi üle viia; Michaeli uus kongikaaslane Haywire on kardetust veel hullem. Samal ajal kohtub Veronica naisega, kes suudab ehk Lincolni hukkamist takistada.
Kui Haywire näeb Michaeli plaani läbi, lükkub põgenemisplaan veelgi edasi. Samal ajal muudab Sucre meelt ning Lincolni õudusunenäod hukkamisest intensiivistuvad. Vanglast väljaspool ühendab Veronica jõud advokaadiga, kes võib olla motiveeritud enamast kui pelgast õiglustundest.
Kellerman ja Hale külastavad vanglaülem Pope'i, kelle minevik ei pruugi olla nii süütu kui paistab. Samal ajal saab Michael teada, et ta võib Fox Riverist välja pääseda oodatust palju varem - aga ilma Lincolnita. Vanglast väljaspool tekivad Veronical koos Nickiga Lincolni süütuse tõestamisel omad kahtlused.
Michael annab oma kongiseina läbilõhkumisele hoogu juurde, samal ajal plaanivad ametivõimud Lincolni hukkamispäeva varasemaks nihutada. Vanglas seab täieulatuslik mäss elusid ohtu ja annab T-Bagile võimaluse paljastada ehmatava saladuse. Väljaspool vanglat leiavad Veronica ja Nick niidiotsa Washington D.C.-s.
Täieulatusliku vanglamässu eskaleerudes peab Michael tegema keerulise otsuse dr Sara elu osas ning Abruzzi ja Sucre ühendavad jõud, et murda saatana selgroog. Samal ajal saab T-Bag vere maitse suhu, kui tema ristiretk põgenemisplaaniga ühinemiseks jätkub ning Michael seisab silmitsi eluohtliku vastasseisuga.
Michaeli plaanis tekib probleem, kui ta avastab, et põgenemisplaanis väga olulisse kuuri on rajatud puhketuba. Samal ajal pääseb LJ jooksu ning vandenõuteooria põhjustab veel kolme inimese surma. Väljaspool saavad Veronica ja Nick plahvatusliku hoiatuse uurimine pooleli jätta ning viimaks paljastub niite tõmbava salapärase naisterahva isik.
T-Bag kaotab ühe orja ja hakkab uut jahtima. Kellerman ja Hale jätkavad LJ jälitamist, viimane püüab abi saamiseks Veronicaga kontakteeruda. Abruzzi suutmatus gängsterite nõudmisi täita seab põgenemisplaani ohtu.
Et töömeeskonna üle kontroll taastada ja põgenemisplaan uuesti võimalikuks teha, veenab Abruzzi Michaelit Falzonele Fibonacci asukohta paljastama.
Dr Sara ja põgenemismeeskond on šokeeritud, kui avastavad Michaelit viimati külastanud ning tema plaani jaoks olulise lüli taganud isiku identiteedi. Samal ajal muutub kapten Bellick umbusklikumaks ning Tweeneri taskuvarga-oskused võidavad Michaelile väärtuslikku aega. Väljaspool vanglaseinu meelitab Quinn Veronica, Nicki ja LJ metsas asuvasse majakesse, samal kui Kellermani ja Hale'i vahel leiab aset eluohtlik tüli.
On näha, et põgenemisplaan toimib ja Michael peab ületama oma viimase takistuse vertikaalsed piirangud. Põgenemiskatse lähenedes püüab rühm põgenejate arvu ühe võrra vähendada. Väljaspool vanglaseinu hiilib LJ minema oma ema matustele ning Veronica saab juhtumile valgust heitva kõne ootamatult allikalt.
Lincolni hukkamine on määratud järgnevaks päevaks ning Veronica püüab temaga suhelda, leides sealjuures uue väärt liitlase. Samal ajal püüab Michael Lincolni üksikkongist välja saada ning vangid riskivad kõigega, kui nad püüavad elu eest põgeneda.
Michael püüab elektritooli rikkudes edutult Lincolni hukkamist edasi lükata ja Lincolni aeg hakkab otsa saama. Veronica ja Nick taotlevad Terence Steadmani keha üleskaevamise luba.
Lincoln, kes näeb enda arvates hukkamisel oma isa, saab 2 nädalat armuaega, kui kohtunik annab orderi Terence Steadmani surnukeha üleskaevamiseks; Sucre nõuab sisse vastuteene, et aidata Michaelil tuvastada uus põgenemistee haiglaosakonda läbi keeruka torustikusüsteemi.
Tagasivaated kolme aasta tagusesse aega paljastavad, kuidas Lincoln, Sucre, T-Bag, C-Note ja dr Sara Fox Riveri vanglasse sattusid ning mis sundis Michaelit koostama keeruka plaani surmamõistetud vennaga vanglast põgenemiseks.
Michael püüab vaevaga meenutada vangla ehitusplaani puuduvaid osi ning vanglaülem Pope suunab ta üksikvangistusse, kui ta keeldub nimesid üles andmast. Samal ajal jääb Sucre vangivalvurite toa põgenemisauku kinni müürima, enne kui vaibapaigaldajad selle leiavad.
Psühhiaatriaosakonda üle viidud Michael püüab Haywire'i mälu värskendada, et viimasele meenuksid vanglaplaani tätoveeringu üksikasjad; Bellick tahab anda Michaeli kongi oksjonil kõrgeima hinna pakkujale; C-Note ja T-Bag peavad ühendama jõud kõrgete panustega pokkerimängul, samal ajal kui kõik head kaardid näivad olevatt Sucre'i nõo Manche'i käes.
Lincolnile paljastab end salapärane mees, kes avaldab ka oma seotuse halva seltskonnaga; kui Michael mõistab, et põgenemisplaani võti on Sara käes, viib ta nende omavahelise suhte uuele tasandile; kui naaseb tuttav nägu, muutub Fox River jõukude tallermaaks; Tweener peab poole valima ning Bellick võib viimaks avastada võtme tunneli juurde.
Kui nende põgenemistunnel avastatakse, peavad vangid juba samal ööl põgenema, kuid kuna Lincoln on ööpäevaringse valve all, peab Michael ta võib-olla maha jätma; Michael avaldab Sarale tõe ning naine hülgab ta, seejärel paneb Michael mängu oma viimase kaardi äärmuslikus sammus vanglaülema vastu.
Dr Sara kahtleb, kas ta peaks jätma Michaeli jaoks tule põlema ja ukse lahti, et mees saaks Pope'i reetes oma põgenemisplaani ellu viia. Veronica leiab tõendeid, mis viitavad Montanale ning ta mõistab, et ta lähim liitlane võib hoopis osutuda ta suurimaks vaenlaseks. Michael, Lincoln ja teised vangid põgenevad, kuid kui alarm tööle hakkab, selgub, kes pääseb üle müüri, kes jääb maha ning kes lahkub vanglast laibakotis.
Vanglamüüride vahelt pääsenuna põgenevad Michael, Lincoln ja teised vangid elu eest, et pääseda kinnipüüdmisest. Vanglaülem Pope ja kapten Bellick alustavad armutut jälitamist, et põgenikud kinni püüda; asepresident muretseb nii oma ameti kui ka elu pärast ning Veronica leiab kõige olulisema tõendi Lincolni süütuse tõestamiseks.
