„Kontide“ viimane peatükk jätkab sealt, kus lõppes eelmine hooaeg – Brennani (Emily Deschanel) kunagine assistent Zack Addy (külalisnäitleja Eric Millegan) on ta röövinud ning Booth (David Boreanaz) püüab meeleheitlikult teda koos ülejäänud meeskonnaga leida. Brennani päästmine on aga kõigest nende probleemide algus.
Leitakse tehisintellektiga robotite valmistaja laip. Meeskond peab uurima välja, kas mehe võis tappa tema enda ehitatud robot. Samal ajal kavandab Bones enda 40. sünnipäeva puhul kõigile üllatust.
Ohtlike kemikaalide jäätmehoidlas leitakse happe seest vana mehe laip ning meeskond asub uurima vanadekodus punutavaid intriige. Laboris räägitakse üha enam abielust ja lastest.
Meeskond uurib mõrva, mille ohver on seotud Boothi ja Brennani minevikuga. Samal ajal seisab Aubrey raske otsuse ees, kui isa tema ellu tagasi tuleb.
Kõrgseltskonna laste eraõpetaja leitakse surnult. Meeskond uurib kõiki võimalikke kahtlusaluseid, alates lapsevanematest ning lõpetades õpetaja varem karistatud toakaaslasega. Samal ajal ei ole Bones rahul oma audioraamatu esitusega ning püüab tõestada, et suudaks seda ise paremini lugeda.
Leitakse kunagise eduka golfimängija ning hilisema metsatöölise Phyllis Pauli tükeldatud surnukeha, mis tekitab kohalikel metsameeste võistlusel mitmeid omavahelisi kahtlusi. Võistlustel avastavad Booth ja Brennan hulga saladusi, mis võisid olla Phyllisi mõrva ajendiks, nende hulgas armuafäär abielus rivaaliga. Samal ajal uurib Hodgins salamisi kunagise ohvri luufragmendil olevaid baktereid, mis võivad tema kahtluste kohaselt mõrvar Zack Addy (külalisnäitleja Eric Millegan) süüst vabastada.
Hiljutine kaotus tekitab Boothi ja Brennani vahel pingeid, kui nad mõlemad omal moel leinaga toime tulla püüavad. Samal ajal külastab Brennanit kunagine armastatu.
Hulk Boothi kunagise sõjaväeüksuse liikmeid leitakse Washingtoni ümbrusest surnuna. Booth peab sukelduma oma minevikku enne, kui mõrvar ta leiab. Samal ajal varjab Brennani isa Max temalt olulist meditsiinilist protseduuri, mis tekitab Brennanis vastakaid tundeid isa usaldusväärsuse ja surelikkuse kohta ning ohu kohta, mis tema perekonda ähvardab.
Noor mees sureb heinarulliõnnetuses ning Booth ja Brennan asuvad juhtumit varjatult uurima kohalikul romurallil. Samal ajal tuleb tagasi dr Gordon Wyatt, kes aitab Hodginsit ja Cami, kui Gormogoni juurdlus jõuab tupikseisu.
Mööduval autol maandub stsenaristi/režissööri surnukeha. Meeskond asub uurima hulka tema filmiga seotud veidraid võttekohti ja tegelasi. Samal ajal otsib Bones dr Mayerilt (külalisnäitleja Betty White) nõu kire kohta töökohal. Booth lubab Aubreyl nende juurdluses juhtohjad enda kätte võtta.
Sarja eelviimases episoodis avanevad kõikide tähtsamate tegelaste lood. Brennan tunnistab kohtuistungil Zachi kaitseks, Angela avaldab suure uudise, Aubrey ja Jessica lepivad kokku ühises tulevikus. Samal ajal saab meeskond teada, et Kovac on põgenenud, mis sunnib Boothi pidama ajaga võitlust, et kaitsta ennast ja enda lähedasi Kovaci seni kõige ohtlikuma plaani eest.
Kovac on jätkuvalt vabaduses ning meeskond otsib tema leidmiseks juhtlõnga. Kui Brennanit tabab tagasilöök, peab ülejäänud meeskond otsima Kovacit ilma temata. See paneb proovile kõik, mida Brennan on neile seni õpetanud. Kui kõik märgid näitavad, et Kovac on saanud abi väljastpoolt ning tal on kindel varjupaik, asuvad Booth ja Brennan teda koos jahtima.
Booth, Brennan, tütar Christine ja uus beebi elavad kuus kuud pärast eelmise hooaja sündmusi unistuste elu, kaugel kunagistest mõrvajuhtumitest. Paraku sunnib neid lähedalt puudutav juhtum Brennanit osalema kohtuarstlikus ekspertiisis. Samal ajal läheb Booth salapäraselt kaduma, mistõttu käivitatakse FBI otsingud, mida juhib agent Grace Miller ning temaga lähedalt koos töötav agent James Aubrey.
Teadmatus Boothi kadumise asjaolude ja hetkeolukorra kohta suureneb veelgi, kui ilmneb, et FBI agent Miller (küllalisnäitleja Kim Rayer) on varjanud FBI ja Jeffersoniani eest olulist teavet, mis oleks võinud aidata Boothi leida. Samal ajal külastab Jeffersoniani üllatuslikult FBI digitaalse kohtuekspertiisi teadur dr Bejamin Metzger (külalisnäitleja Josh Causabon), kes püüab koos Angelaga selgitada meeskonna poolt kogutud info põhjal välja Boothi asukohta ja kadumise asjaolusid. Arastoo teeb olulise otsuse, mis mõjutab tema isiklikku ja tööalast suhet Camiga.
Brennan ja Booth on tagasi oma esimesel ametlikul tööpäeval Jeffersonianis ja FBI-s. Asjad lähevad põnevaks, kui kalakasvatusest leitakse inimjäänused. Selgub, et enne laiba vette viskamist on keegi võtnud ohvrilt mitmed siseelundid. Angela otsib üles elundite ostja ja müüja, et selgitada juurdluse seisukohalt olulisi detaile. Samal ajal kohaneb Booth oma tööga FBI-s ning avastab, et Aubrey on tema vana kontori endale võtnud. Hodgins ärgitab Angelat oma fotograafitööd näitama. Camil on raske leppida otsusega valida töö suhte asemel Arastoo’ga.
Metsast leitakse maakler Justin Rossi laip, mis tundub olevat koioti-hundi hübriidide poolt näritud. Brennan palub abi oma säravalt kolleegilt, kohtuantropoloog dr Beth Mayerilt (külalisnäitleja Betty White). Lisaks tööalastele saavutustele on Mayeril üllatavalt palju teadmisi fantaasiajalgpalli kohta ning see võib osutuda oluliseks võtmeks Rossi minevikku ja anda palju infot tema mõrvari kohta. Kui Booth ja Aubrey uurivad Rossi fantaasiajalgpalli liiga ajalugu, avastavad nad, et ta tal oli Twitteris tüli NFL-i tähe Lou Diversiga (külalisnäitleja Ronde Braber) ja ta oli liiga juhatajale suure summa võlgu, mistõttu võib mõlemat pidada kahtlusaluseks....
Käes on Halloween ning Jeffersoniani tulevad Sleepy Hollow’st külla värskelt tööle asunud FBI agendid Abbie Mills (külalisnäitleja Nicole Beharie) ja Ichabod Crane (külalisnäitleja Tom Mison), kes soovivad võtta Brennanilt ja ta meeskonnalt üle juurdluse ilma peata laiba kohta. Uus nelik peab tegema koostööd, et selgitada välja 200-aastase laiba isik ning seostada see kaasajal toimunud mõrvaga. Samal ajal mõtlevad Booth ja Brennan välja vempe, mida Halloweeni ajal teineteise peal mängida.
Sanitaartöötajad (saatest „Impractical Jokers“ tuntud Sal Vulcano ja James Murray) leiavad tänavapuhastusmasinast USA senaatori tükeldatud laiba. Brennan, Booth ja ülejäänud meeskond suunduvad poliitmõrva lahendamiseks Capitol Hilli, kus kohtuvad senaator Hayley Wintersiga (külalisnäitleja Brenda Strong) ja ohvri personaliülem Eric Moralesiga (külalisnäitleja Nicholas Gonzales). Samal ajal hakkab Aubrey ja praktikant Laura (Jessica Warren) vahel kujunema suhe, mis ajendab Aubreyt uurima Laura tausta, et teha kindlaks, et seal poleks midagi, takistaks tema tulevast poliitilist karjääri.
Meeskond uurib metsast leitud põgenemiskunstniku mõrva. Selgub, et ohver töötas Magic Palace’is ning tema varjatud tegevus tekitas talle mustkunstnike hulgas vaenlasi. Samal ajal teevad Brennan ja Booth oma sõprade seas küsitlust, et uurida välja, kas Christine’i peaks külastama hambahaldjas. Angela töötab edasi Sebastain Kohliga.
Meeskond uurib poliitikaajakirjaniku mõrva, kes leiti vahetult pärast artikli ilmumist NSA-s esinenud korruptsiooni kohta. Hodginsil tekib juurdluse käigus paranoia, kui meeskond mõistab, et jälgitakse iga nende sammu. Samal ajal kavandab Brennan Boothile üllatust ning kogu meeskond tähistab tänupüha koos.
Brennan ja Booth suunduvad mõrva lahendamiseks Metsiku Lääne stiilis peetavatele laskmisvõistlustele, kus Angela ja Hobbins arutavad oma pere tulevikku ning Cam saab lähedaseks fotograaf Sebastian Kohliga (külalisnäitleja Gil Darnell). Seejärel uurib meeskond politseiniku mõrva, mis on šokeerinud nii Jeffersoniani kui FBI meeskonda. Juurdluse käigus teeb Booth mõrvari leidmiseks koostööd käitumisanalüütik Leslie Greeniga (külalisnäitleja Sara Rue). Samal ajal peab Cam tegema isiklikus elus mõningaid otsuseid ning terve meeskond peab hindama üle, mis on neile kõigile tõeliselt oluline.
Meeskond uurib politseiniku mõrva, mis on šokeerinud nii Jeffersoniani kui FBI meeskonda. Juurdluse käigus teeb Booth mõrvari leidmiseks koostööd käitumisanalüütik Leslie Greeniga (külalisnäitleja Sara Rue).
Hodginsil möödub halvatuse taastusravi alustamisest kaheksa nädalat ning ta on sunnitud kasutama ratastooli. Samal ajal uurivad Brennan ja Booth riikliku advokaadi mõrva, keda oleks soovinud tappa mitmed endised kliendid.
Meeskond uurib auto vrakist leitud laipa, mis võis kuuluda meesõiguste organisatsiooni juhile, kes oli kunagi koduvägivalla ohver.
Jeffersoninan uurib pargist kõdunenult leitud sotsiaaltöötaja mõrva. Tõendid annavad alust arvata, et mõrvar elas enne laibast vabanemist sellega mitu kuud koos.
Jeffersonian uurib kurjategija mõrva, kes jäi kadunuks pärast avavanglasse üle viimist. Mõrvas kahtlustataval on Boothiga isiklikud sidemed. Samal ajal annab Brennan FBI-s ütlusi relvastamata kahtlusaluse ründamise kohta varasema juurdluse käigus. Ülekuulamise tulemusena võidakse ta ajutiselt töölt kõrvaldada või keelata FBI-s töötamine sootuks. Aubrey ja Jessica (külalisnäitleja Laura Spencer) esimene suudlus lükkub taas edasi. Hodgins on jätkuvalt Angela suhtes tõrjuv.
Meeskond uurib Potomaci jõest külmununa leitud eradetektiivi mõrva. Ohver oli „parandaja“, kes „lahendas“ klientide probleeme ning teenis endale sellega palju vaenlasi. Aubrey on šokeeritud, kui kuuleb oma isa asukohast. Angela ja Hodgins jätkavad enda tormilise suhte parandamist. Brennan ja Booth saavad kätte Christine’i esimese tunnistuse. Biheiviorist Karen Delfs (külalisnäitleja Sara Rue) kutsub Aubrey kohtingule.
Meeskond uurib Lynwoodi ülikooli meesansambli The Whippersnaps juhataja mõrva, kelle laip leitakse kooli rotilaborist. Ohver oli hiljuti visanud välja Ian Janseni, ühe grupi parematest lauljatest (Jordan Fisher), mis ajendab Boothi ja Aubrey’t küsitlema nii Janesnit kui teisi ansambliliikmeid (nende hulgas külalisnäitlejad Mitch Grassi ja Scot Hoying), samuti mõningaid konkureeriva naisansambli lauljaid (kaasa arvatud külalisnäitleja Kristin Maldonado), et mõista grupidünaamikat ja selgitada mõrva põhjuseid. Samal ajal tuleb avalikuks üllatav info Aubrey ülikoolikogemuste kohta. Hodgins kandideerib eksperimentaalsesse närvitaastumise uuringusse....
Purjus üliõpilane avastab vahetult enne presidendi visiiti riikliku salateenistuse agendi laiba. Booth on kohe tööks valmis ning pöördub info saamiseks salateenistuse agendi ja kunagise kolleegi Barndt Walkeri poole. Paraku selgub, et salateenistus ei suhtu Boothi kaasamisse soosivalt. Meeskond avastab hulga šokeerivaid asitõendeid, mis suurendavad juurdluse tõsidust ja ajendavad Boothi oma riigi eest välja astuma. Samal ajal on Brennan haigestunud grippi ning endine praktikant dr Colin Fisher naaseb Jeffersoniani, et olla uurimise abiks. Brennan keeldub aga olema infoväljast eemal. Hodgins võtab oma elu enda kätesse ning näitab pärast ohtlikku...
Jeffersoniani laborist filmitakse telelõiku ning Brennani, Boothi ja Jeffersoniani/FBI meeskonnaga on „tüüpilise“ juhtumi jäädvustamiseks kaasas võttemeeskond. Juurdluse käivitab prügimäelt leitud laip, mis maeti sinna vähemalt kümme aastat tagasi. Kaamera jäädvustab meeskonna tööd ning liikmete kommentaarid aitavad näha juurdlust seestpoolt. Enda tööalaseid oskusi demonstreerivad nii Booth kui Aubrey ja Brennan nätab, et tema teadmised on juhtumite lahendamisel võtmetähtsusega.
Meeskond uurib populaarse hokimängija mõrva, kelle peata laip oli visatud jõkke. Kui Booth ja Aubrey küsitlevad meeskonna treenerit, saavad juhtumi lahendamisel oluliseks Boothi hokialased teadmised. Booth kohtub taas oma kunagise hokirivaaliga ning läheb temaga uuesti vastamisi jääle. Samal ajal konkureerivad omavahel ka Hodgins ja Oliver (külalisnäitleja Brian Klugman), kui Hodginsi ehitatud droonidega püütakse võidu saada kätte ohvri pea. Booth ja Brennan püüavad tühjendada oma kodu ebavajalikust kolast.
Antarktikast leitakse miljardärist uurimisreisija Henry Charlesi jäänused. Suure profiiliga juhtum satub Brennani ja Boothi kätte, kes püüavad teha kindlaks, kas tegemist võis olla mõrvaga.
Meeskond uurib klaasi taaskasutustehasest leitud laipa, kelle lõugade vahelt avastatakse teemant. Prantsuse inspektor Rousseau esitab meeskonnale süüdistuse Marquis de Chaussin’i vastu.
Meeskond asub taas uurima „Nukumeistrit“ – sarimõrvarit, kes elab enne laipadest vabanemist nendega koos.
Aubrey uurib koos meeskonnaga riiklikku vandenõu. Eelmiselt ohvrilt leitud DNA aitab meeskonnal kahtlusaluste hulka vähendada.
Jeffersoniani meeskond uurib poliitiliselt konservatiivse vastuolulise raadiosaatejuhi mõrva, kelle surnukeha leiti äravoolutorust. Kahtlusaluste kindlakstegemisel tulevad abiks mõned tema töövälistest tegevustest. Samal ajal püüab eriagent James Aubrey võita meeleheitlikult Boothi usaldust. Brennan on hiljutiste sündmuste tõttu Boothi pärast mures.
Eriagent Aubrey uurib koos meeskonnaga videomängude kujundaja mõrva. Praktikant Jessica räägib oma üliõpilasühendusest. Brennan ja Booth arutavad Christine’i tulevikku.
Brennan kohtab juhuslikult konkurenti kirjastamise alal. Wendell saab teada oma diagnoosi. Meeskonna liikmed uurivad trepikojast leitud surnukeha mõrva.
Koduabilise mõrv osutub oluliselt suuremaks juhtumiks kui alguses arvatud. Pinged Cami ja Brennani vahel kasvavad.
Meeskond asub uurima miljardi dollarise käibega riskifondi kui karuselli alt leitakse inimjäänused.
Meeskond asub uurima ristsõnameistri mõrva.
Meeskond uurib psühholoogiaprofessori mõrva.
1950-ndate Hollywoodis on Brennan detektiiv ja Booth kurikuulus juveelivaras.
Kohalik selgeltnägija leitakse surnult ning appi kutsutakse Angela sensitiivist sõber.
Meeskond kutsutakse uurima mahajäetud raamatukauplusest leitud jõuka õpetaja mõrva.
Leitakse endise kurjategija tükeldatud laip ning meeskond asub uurima kohalikku pagaritöökoda.
Meeskond uurib minigolfi-superstaari surma. Brennan on oma isa pärast mures.
Booth ja Brennan töötavad varjatult, kui tegutsevad põrandaaluse pokkeri maailmas.
Pargist leitakse populaarse telekoka jäänused ning Jeffersoniani meeskond asub juhtlõnga otsima kohalikest restoranidest, mida ta arvustas. Kui asitõendid viivad Royal Diner’isse – Brennani ja Boothi lemmik-söögikohta – tuleb neil seada töötajaid küsitledes ohtu oma staatus restorani patroonidena. Samal ajal müüb Hodgins miljonite eest maha oma uue leiutise ning Brennan loob anatoomiliselt korrektse laulu, et aidata Christine’il õppida erinevate skeletiosade nimetusi.
Kraavist leitakse eragümnaasiumi õpilase jäänused. Brennan ja Booth oletavad, et tema surm võis olla seotud koolikiusamisega. Kui Brennan hakkab nägema sarnasusi ohvri ja enda kooliaja vahel, hakkab meeskond kahtlustama mõrva.
Jeffersoniani meeskonna poolt tabatud sarimõrvar Alex Rockwelli surmanuhtluseni on jäänud 48 tundi. Uurijad peavad ajaga võitlust, et tõendada Brennani uut kahtlust, et Rockwell polnud tegelik kurjategija.
Mõjuvõimas Iraani parlamendiliige röövib Arastoo, et sundida teda lahendama mõrvajuhtumit. Booth ja Cam reisivad Iraani ning ülejäänud meeskond peab ajaga võitlust, et mõrvari isik kindlaks teha. Samal ajal saab Brennan teada Boothi kasvavast hasartmänguharjumusest ning palub Aubrey’lt abi, et kaitsta ennast ja Christine’i Boothi kihlveovahendaja eest.
Jõekaldalt leitakse tuntud küpsisepurkide kollektsionääri surnukeha. Jeffersoniani meeskond suundub mõrvari leidmiseks kohalikku kollektsioneerimiskogukonda. Samal ajal on Boothil raske tulla toime Brennani otsusega oma hasartmängusõltuvuse tõttu nende majast välja kolida. Aubrey hoiab praktikantidel silma peal.
Metsapõlengu järel leitakse endisest kurjategijast mootorrattajõugu liikme surnukeha. Meeskond asub uurima kurjategija leidmiseks ohvri minevikku.
Jeffersoniani meeskond leiab inimjäänused. Asitõendid viitavad sarimõrvar Chistropher Pelanti võimalikule jäljendajale ning meeskond peab Pelanti kuriteod uusi vihjeid otsides üle vaatama. Samal ajal kahtleb Angela Hodginsiga tehtud otsuses Pariisi kolida. Brennan ja Booth kaaluvad võimalusi töötada väljaspool Jeffersoniani ja FBI-d.
Kui Cami maine ja karjäär on arvel, reisib kogu meeskond välismaalt kohale, et aidata tal lahendada tuvastamata noore poisi juhtum. Kohtuekspertiisi Antropoloogia Üksus kaotas paljuski oma elujõu, kui asutus laiali saadeti, et isiklike väljakutsetega tegeleda. Nüüd läheb tarvis kogu meeskonna vaimu ja teadmisi, et tõendusmaterjal lahti harutada ja tundmatu poisi perele lõpplahendus leida. Pärast uute asitõendite paljastamist laboris ja ootamatuid isiklikke avastusi leiab meeskond, et nad kuuluvad Washingtoni.
Kui Rahvuspargi koopast leitakse armastajapaari säilmed, peab meeskond lisaks meeste- ja naisterahva identiteedi kokku panemisele lahendama ka kuriteo. Pärast kahe tõenäolise kahtlusaluse ülekuulamist tuvastab meeskond naise näol turundusjuhi, kes oli ühtlasi oma kaaslase AA sponsor. See pakub piisavalt asitõendeid, et tõde päevavalgele tuleks. Samal ajal üllatab Boothi tüdruksõber ja ühtlasi Afganistani sõja korrespondent Hannah Burley teda ootamatu külaskäiguga. Pärast Burley’ga kohtumist ning paari puhta õnne tundmist hindab Brennan oma suhte Boothiga ümber ja mees püüab talle õpetada, et armastus ei ole alati loogiline.
Booth ja Brennan kutsutakse uurima Jersey Shore'is leitud lagunenud säilmeid. Meeskond tuvastab ohvrina 23-aastase Richie „V“ Genaro, kes pidutses öö varem populaarses ööklubis. Booth ja Brennan küsitlevad Genaro kamraade ja baari turvameest. Üllataval kombel tõestab Brennan oma poppkultuuri- ja antropoloogiaalaseid teadmisi pärast saate „Jersey Shore“ vaatamist. Ta pidas seda algul dokumentaalfilmiks, ent see osutus siiski tõsieluseriaaliks. Samal ajal kasvab laboris meeskonna kiindumus Boothi tüdruksõbra Hannah' vastu ja Angela püüab oma rasedust saladuses hoida.
Pärast seda, kui prügikastist leitakse pealuu koos lagunevate kätega, tuleb meeskonnal lisaks kuriteo lahendamisele üles leida ka ohvri ülejäänud säilmed. Ilmneb, et ohver on pearahakütt Ray Raminsky, kes ajas taga kaastöötaja tapmises süüdistatud Charles Bravermani. Samal ajal palub professor Bunsen Jude ehk Teaduskutt, kas ta saaks oma lastesaadet Jeffersoniani laboris lindistada ja Brennani erikülalisena kaamera ette kutsuda. Brennan keeldub esialgu, aga üllatub, kui Jude teeb talle ettepaneku, millest ei saa keelduda. Mehest saab nn kõõritav teaduspraktikant. Kui meeskond paneb kuriteo üksikasjad tükk tüki haaval kokku, avastatakse, et lisaks...
Pärast seda, kui paljulubava noore tantsija kolju leitakse ehitusplatsil betoonist, peab meeskond välja selgitama, mis juhtus ohvri skeletistruktuuriga. Booth ja Brennan avastavad, et ohver jättis balleti tantsimise ja otsustas hip-hopi kasuks. Sellega paljastatakse uued asitõendid, mis suunavad nad ohvriga salasuhtes olnud kahtlusaluse poole. Hannah’le antakse tööülesanne probleemses linnaosas, kus tal pole turvaline, ja tema elu satub ohtu.
150-aastaselt orjalaevalt Amelia Rose avastatakse inimsäilmed, mis viivad mineviku ja oleviku kokkupõrkeni. Meeskonnal on ülesanne korraldada lahkunutele kombekohane matmine, kui ühtäkki leitakse ennenägematu seos hiljutise mõrvaga. Boothi ja Brennanit juhib juurdluse käigus hoopis teistsugune laev ehk Cougari kruiisilaev, kus nähti nende ohvrit veel hetk enne tema surma. Sweets näeb vaeva, et säilitada tööalane suhe Daisyga, ja Cam avastab Amelia Rose’iga üllatava ja emotsionaalse sideme.
Kompvekivalmistaja „magus“ unelm saab kiiresti mõrkja maitse, kui maailma suurimast šokolaaditahvlist avastatakse inimsäilmed. Ekstsentriline šokolaadivabriku omanik Jimmy Walpert seisab silmitsi tragöödiaga. Meeskond avastab peatselt, et ohvri näol oli tegu müstilise tegelasega, kelle minevik on tulvil saladusi, valesid ja armulugusid. Camil on raske leppida tütre otsusega astuda ülikooli, mis ei vasta tema kõrgetele standarditele. Hodgins palub Angelal korraldada pidu, et teha teatavaks tema mitte enam nii salajane rasedus.
Boothi ja Brennani järgmine juhtum viib nad kuriteopaigale, kus inimese surnukeha on sõna otseses mõttes sulanud söestunud veoki armatuurlaua külge. Juhtumit lähemalt uurides avastab meeskond ohvri kehalt kuulihaava, ent siiski selgub, et tema surma ei põhjustanud tuli ega tulistamine. Järgnevad juhtlõngad viivad nad kohalikku gümnaasiumi, kus ohvri naine töötab õpetajana. Ilmsiks tuleb õpilase ja õpetaja vaheline suhe ja muster võtab laboris ilmet. Meeskonnal õnnestub mõrvarelv üles leida ja kuritegu lahendada. Samal ajal paneb Sweets kiusatusele vastu ega luba oma tunnetel Daisy vastu segada tal naise aitamist riikliku psühholoogilise hindamise...
Brennanil avaneb võimalus näha oma elu kõrvaltvaatajana, kui geniaalse ja ambitsioonika kirurgi laip leitakse probleemsest linnaosast. Tema koljul on mitu mõra ja puudub igasugune info, miks või kuidas ta seal viibis. Meeskond suhtub juhtumi uurimisse objektiivselt, kuid Brennanil on raske eristada oma elu ohvri omast, kuna mida lähemale lahendusele jõutakse, seda rohkem sarnasusi tal ohvriga esile tuleb. Meeskond jõuab tänu asitõenditele kuriteo lahendamisele järjest lähemale, aga Brennani ainulaadne vaatenurk viib ta ohvri elu viimaste hetkede rajale. Brennan saab omale uue sõbra Jeffersoniani turvamehe Micah Leggati näol, kelle abiga ta avastab...
Noorele prominentsele naisterahvale kuuluva luksusliku maja duši alt leitakse tuvastamatu keha. Uudishimuliku kontide eksperdi ja Jeffersoni nn kõõritaja Clark Edisoni abiga selgub skeleti rekonstruktsiooni ja äravoolutorus olevate asitõendite põhjal, et ohver oli võltsitud käekottide müüja heaks töötav noor neiu. Ohver varustas prominentset tuttavat käekottidega. Enesekeskset naist üle kuulates ning turvakaamera salvestust uurides avastatakse asitõendid, mis annavad alust kotte mõrvaga seostada. Samal ajal arutavad Angela ja Hodgins oma tulevikukodu ja selle asukoha üle ning Booth räägib Hannah'le Brennani tunnetest tema vastu.
lükata talle röövmõrva ja mitmete analoogsete külmavereliste kuritegude eest karistuseks määratud surmanuhtluse. Kui Hauakaevajat tabab aga kaugustest kuul, on meeskonna ülesanne tükkidest kokku panna nii snaipri täpne asukoht kui ka tuvastada kahtlusalune ja tema motiivid. Uurija Caroline Julian, Booth ja Brennan koostavad põhjaliku küsitluse järel nimekirja võimalikest kahtlusalustest. Tõendid ja selle kuriteo kordasaatmiseks vajalikud oskused kasvatavad aga meeskonna veendumust, et tegu oli nn professionaalse sisese tellimustööga, mille usutavad kahtlusalused on Brennani isa Max ja isegi Booth. Sweets püüab olla vapper pärast tuletormi, mis...
Hernehirmutiseks maskeeritud kuulihaavaga laip leitakse kaugelt maisipõllult ja meeskond on sunnitud ajaga võidu jooksma, et vältida tormi ja võimalikke komplikatsioone, mis võiksid tõestusmaterjali mõjutada. Booth ja Brennan küsitlevad ohvri kolme naist, kes on ühtlasi õed, ning mõistavad, et õededevaheline kadedus ja janu abikaasa tähelepanu järele lõi perekonda kiilu. Lisaks küsitlevad Booth ja Brennan lisaks üht sugulast, kes ei kiitnud ohvri polügaamiat heaks. Cam muutub oma suhte osas valvearstist kallimaga ebakindlaks, ent mõlemad mõistavad, et peavad suhte esikohale seadma.
Ratturi säilmed avastatakse laohoone katuselt pärast ebaõnnestunud rattatrikki. Booth ja Brennan kuulavad ohvri kaasrattureid üle ning Hodgins ja nüüdseks pisut pehmenenud "kõõritaja" Fisher tuvastavad ohvri skeletistruktuuril mõrad. Angela taasloob sündmusteahela, mis lõppes saatusliku õnnetusega. Sweets pöördub Boothi poole, et saada nõu oma suhte osas Daisyga. Booth otsustab suhte üle Hannah’ga.
Valentinipäeval leitakse pulmaplaneerija veeldunud säilmed tema kodust solaariumist. Cam survestab meeskonda juhtumit õigeaegselt lahendama, et ta jõuaks tähtpäeva oma kallimaga tähistada. Sel ajal, kui „kõõritajad“ väsimatult laboris tööd rügavad, küsitlevad Booth ja Brennan väga palju võimalikke kahtlusaluseid, kuni nad pääsevad ohvri arvutis ligi salastatud andmetele, mis juhatavad nad peamise kahtlusaluseni. Booth ja Brennan ei omista valentinipäevale suurt tähtsust ja Hodgins püüab Angelale romantilise päeva organiseerida, aga „kõõritaja“ Clark kutsub ta mõistusele mõttega, et kõige tähendusrikkamad kingitused sünnivad südamest.
Kurikuulsa Hauakaevaja mõrvar, jooksus olev snaiper Jacob Broadsky, tegutseb taas! Sel korral langeb tema ohvriks varasem kahtlusalune, kel õnnestus õigussüsteemist pääseda. Boothi eesmärk on Broadsky kätte saada ning ta on sihikindlam kui eales varem. Booth laseb käiku sõjaväeõppes omandatud teadmised, et snaiprile tema meelisalal koht kätte näidata. Ta tõotab minna nii kaugele kui vaja, et õiglus saaks jalule seatud. Selles tulises ja dramaatilises vastasseisus on Boothil kõigest paar minutit, et Broadsky kätte saada enne, kui ta uut sihtmärki tabab, ent Broadsky oskused ja kiirus on siin vääriliseks vastaseks. Samal ajal külastab Angela isa...
Tugev lumetorm põhjustab ülelinnalise elektrikatkestuse. See seab meeskonna teele veel ühe takistuse, mis tuleb ületada, et lahendada võimaliku viirusepuhanguga seotud mõrvajuhtum. Booth ja Brennan jäävad lifti kinni ning Sweets ulatab väljaspoolt abikäe, ent teeb rohkem kui paluti, kui algatab tundliku vestluse Boothi ja Brennani suhte teemal. Angela ja Hodgins saavad murettekitava uudise oma sündimata lapse tervise kohta. Hodgins ja „kõõritaja“ Wendell Bray lasevad oma loovuse laboris lendu ning rakendavad seejuures oma teaduslikke oskusi, et tuvastada ohver ja see haruldane haigus.
Pärast hiljutist üleujutust USA-Kanada piiril uhuti kaldale seitse paari kehadest eraldatud jalalabasid. Numbrid aga ei klapi, kui arvestada, et kuus paari pärinevad lähedal asuvast ülikooli laibakumist. Kui Kanada päritolu kriminaalkiropood dr. Douglas Dilmore säilmed Kanadasse kaasa võtab, moodustavad nad Brennaniga liidu, et jalapaarid kokku sobitada ja ohver tuvastada. Haruldane ja kallis ketsipaar juhatab meeskonna ohvri mõrvari juurde. Cam satub paksu pahandusse, kui ta teeb tütre selja taga ülikooliplaane.
Müüdimurdjate saate juhi säilmed leitakse metsikust loodusest ning jääb mulje, et too langes ohvriks müütlisele Chupacabrale ehk roomaja-imetaja hübriidile, kelle olemasolu ei ole tõestatud. Meeskond saab teada, et ohver reisis eraldatud Lääne-Virginia aladele, et lükata ümber Chupacabra müüt. Lisaks kuulatakse üle võimalikud kahtlusalused, kaasa arvatud konkureeriva metsiku looduse kanali saatejuhi, krüptozoloogi ja lemmikloomade selgeltnägija. Aga kui kuriteopaiga videosalvestis taastatakse ja ohvri säilmetelt leitakse imelikud hambajäljed, avastab meeskond rea üksikasju ohvri hukkumise kohta, mis kummutavad algsed surma põhjuste teooriad....
Meremuuseumi turvamehe säilmed leitakse Florida Evergladesist pärast katset varastada iganenud 17. sajandi merekaardi tükki, mida kasutati varanduste leidmiseks. Kuriteo lahendamiseks otsib Booth üles endise Iraagi sõduri Walter Shermani, kellel on hämmastav anne leida üles kes iganes ja mis iganes. Shermani, tema kolleegi Ike Latulippe ja tema advokaadi Leo Knoxi abiga juhitakse meeskond tätoveeringukunstniku juurde, kes omakorda juhatab nad sitke noore naisterahva poole. Kui naine leitakse aga mõrvatuna koos tema säilmetesse surutud kaardi osadega, avastab meeskond sajanditepikkuse kaardi ja kahtlusalusega seotud loo. Brennan paneb Shermani...
Meeskond tuvastab eduka reklaamimehe säilmed kogukonna keskuse uuelt mänguväljakult. Uurides ohvri kodu ja küsitledes tema endist kaaslast ja tööandjat, avastavad Booth ja Brennan, et ohvril oli agressiivne suhtumine aususesse. Ühtlasi kuulus ohver radikaalsesse aususe toetusrühma. Meeskond püüab juurutada ausat suhtlusviisi, mis ei aita aga tihti kaasa positiivsete inimsuhete arengule. Angela innustab Hodginsit seisma silmitsi reaalsusega, mis nende lapseootusega kaasneb.
15-aastane kuulmiskahjustusega ja suhtlusvõimetu Jane Doe leitakse tänavalt üleni verisena, käes nuga. See paneb meeskonda uskuma, et viimane on ise mõrva toime pannud. Angela varjab Hodginsi eest oma raseduse üksikasju.
Kui jooksus oleva snaipri Jacob Broadsky saagiks langeb järgmine ohver, kasvab Boothi meelekindlus tabada see seni tabamatu vaenlane. Kui kuul tabab aga Boothi asemel süütut ohvrit, võtab uurija oma missiooniks tabada Broadsky, maksku mis maksab.
Meessoost keeglimängija tuvastamatud ja šokeerivad säilmed leitakse keegliseadmismasina seest. Brennani isa Max Keenan on ohvri keeglimeeskonna liige, kuid viibib hetkel vigastuse tõttu spordist eemal. Kuna selged juhtlõngad selles juhtumis puuduvad, otsustavad Booth ja Brennan ühineda väga võistlusliku keeglimeeskonnaga lootuses leida vihjeid ohvri kohta. Kui nad kohtuvad ohvri meeskonnakaaslastega kohtudes, sealhulgas 12-aastase keeglispordi imelapsega, saab selgeks, et antud juhtumisse võib olla kaasatud palju kahtlusaluseid. Samal ajal ootab viimaseid päevi lapseootel Angela iga hetk oma võsukese sündi, ent jätkab usinalt tööd ka haiglast...
Angela ekstrasensi (külalisnäitleja Cyndi Lauper) ennustuse kohaselt on ühe purskkaevu alla maetud mitu surnukeha. Vihje osutub tõeseks ning Booth ja Brennan leiavadki 11 inimese säilmed täpselt sealt, kust ekstrasenss neid otsida lasi. Kuigi Boothil esineb veel mõningaid tüsistusi, on Sweets tunnistanud ta ajuoperatsiooni järel töövõimeliseks.
Brennan ja Booth uurivad mehe mõrva, kes tapeti salapärase kohvri sisu pärast. Esialgsed tõendid panevad neid kahtlustama, et tegu on salateenistuste tööga. Kahtlused saavad kinnitust, kui ühe auto pagasiruumist leitakse CIA agendi vedeldunud surnukeha. Samal ajal toob Brennani bestseller talle majanduslikku edu, kuid põhjustab konflikte Boothiga. Jeffersoniani praktikant Wendell kaotab oma stipendiumi.
Booth ja Brennan uurivad amišist klaverivirtuoosi mõrva, kes kadus umbes kaks kuud enne oma Rumspringat (välismaailma avastamist). Cam püüab vastse lapsevanemana hakkama saada ning Booth aitab vaos hoida Cami kasutütar Michelle’i.
Brennan ja Booth uurivad naabruskonna peolt leitud inimjäänuseid. Äärelinna poliitika ja salajased skandaalid annavad igale naabrile potentsiaalse motiivi. Kahtlustatava leidmiseks peavad Brennan, Booth ja Sweets hakkama kogu draamat lahti harutama. Jeffersoniani praktikant Arastoo tunnistab üles oma mineviku. Boothi poeg püüab leida isale tüdruksõpra.
Söestunud inimjäänused osutuvad Jeffersonianile laenatud Egiptuse üliku muumiaks. Kui ülikooli kuraator muumia ettevalmistamise ajal tapetakse, võtab mõrva uurimine ajaloolised mõõtmed, heites valgust ka muumia elule. Brennan läheb kohtingule Boothi kunagise ülemuse ja endise praktikandiga. Sweetsi tüdruksõber Daisy Wick tuleb tagasi.
Leitakse kohaliku kanafarmeri moonutatud laip. Tegemist oli loomade julma kohtlemise poolest tuntud tööstusliku kanalihafarmi pärijaga, kellel oli ka palju vaenlasi, nende hulgas ekstremistidest loomaõiguslased ja kibestunud naabrid. Angelat häirib see, kuidas farm loomi kohtleb, ja ta algatab isikliku loomaõiguste kampaania.
Booth peab FBI täpsuslaskmise sertifikaati uuendama, kuid ta pole enam sama osav kui enne ajuoperatsiooni. Meeskond uurib kääbuse mõrva, kelle maadlejanimi oli Raudne Härjapõlvlane.
Maakler leiab kinnisvara näidates inimsäilmed ning asja kutsutakse uurima Brennan ja Booth. Samal ajal kolib Boothi juurde elama tema vanaisa, kes soovib ka ise tingimata uurimises osaleda.
Kiirtoidulavkast leitakse e-sportlase jäänused. Tegu on ainsa mänguriga, kes on suutnud populaarses videomängus maksimumpunktid koguda, ning fännid maksid tema masinal mängimise eest ka tublisti raha. Paraku kaasnes eduka äri ja tšempioniseisusega ka palju vaenlasi. Hodgins, Sweets ja Colin ootavad kordamööda kino ees telklaagris, et osta esmalinastusele pilet.
Jõuluvanakostüümis mees laseb end ebaõnnestunud pangaröövi käigus õhku ning Brennan ja Booth püüavad tuvastada nii pommimeest kui tema motiive. Brennan plaanib veeta Jõulud El Salvadoris, kuid isa veenab teda olema pühade ajal enda ja nende hiljuti avastatud kauge sugulase Margaret Whiteselliga.
New Mexicos leitakse ebamaisete tunnustega surnukeha. Ohver oli kohalik UFO-fanaatik, kelle väsimatud maavälise elu otsingud on kogunud „tõendeid“, mis veenavad isegi Brennanit ja Boothi. Angela ja Jeffersoniani praktikant Wendell tunnistavad oma suhte üles.
Föderaalsed agendid lukustavad Jeffersoniani ning keelavad kellelgi hoonesse siseneda või sellest lahkuda. Brennanilt ja ta meeskonnalt nõutakse veel tuvastamata, kuid rangelt salastatud jäänuste identifitseerimist. Kui meeskond hakkab kahtlustama, et uuritakse kuulsa presidendi mõrva, aitab Boothi ülemus tal tõe välja selgitamiseks laborisse sisse murda. Pettunud Cam on mures, et Michelle’il võib tema ees olla mõni suur saladus.
Kui vanadest kodusõja-aegse lahinguvälja kaevikutest avastatakse inimskelett, kutsutakse Brennan ja Booth juhtumit uurima. Hoolimata ajaloolisest asukohast tuvastab Brennan kiiresti, et need kondid kuuluvad Dan Pinardile, kes oli kaasaja hambaarst. Booth küsitleb kahtlusaluseid, sealhulgas ohvri endist poiss-sõpra ning Hodgins ja labori praktikant Vincent Nigel-Murray näevad vaeva, et puhastada kondid tugevast savijäägist, mis takistab meeskonnal surma põhjuse välja selgitamist. Boothi vend Jared naaseb reisilt üllatavate uudistega.
Brennan ja Booth uurivad omapäraselt deformeerunud säilmete kogu, mis allegoriseerib Piibli teksti. Ohver osutub dr. Adam Copelandi endine patsient Havenhursti Sanatooriumis ning Brennan ja Booth seisavad silmitsi kahtlusalustega, kelle iseloomustamisel on keeruline hea ja kurja vahel valida. Samal ajal avaldab Jeffersoniani praktikant Arastoo Vaziri ühe saladuse oma mineviku kohta.
Üle 200 000 liitri üleujutusvett paiskab metroorongi rööbastelt ning tulvavees kerkib pinnale osaliselt skeletistunud keha. Rööbastelt paiskunud rongis sõitnud dr. Sweets võitleb posttraumaatilise stressiga, kuid ülejäänud meeskond asub koos praktikant Daisy Wickiga ohvrit tuvastama. Tegemist on professionaalse varikirjaniku Martin Aragoniga, kes oli sattunud surmaga lõppenud armukolmnurka. Brennan avaldab edukalt oma teise raamatu, ent peab majutama uudishimulikku reporterit. Sweetsi surmalähedane kogemus sunnib teda langetama drastilise otsuse.
Sarja 100. osas viiakse vaatajad kuue aasta tagusesse aega. Brennan ja Booth kirjeldavad oma esimest juhtumit, mille kallal koos töötati. Sweets viimistleb veel nende partnerlusest kirjutatud raamatut, Brennan ja Booth kasutavad aga võimalust, et asjad sirgeks rääkida. Noor ja mäslev FBI agent Booth pöördub abi saamiseks antropoloogia teadlaste rühma ja tänavakunstniku poole. Ta otsib asitõendeid, millega tõestada kõrgetasemelise kahtlusaluse süüd. Vaatamata tundmatule territooriumile asub dr. Brennan koos kõrgharitud üliõpilase Zacki ja Hodginsiga kohe tööle, avaldades Boothile oma osavate võtetega muljet. Nimelt õnnestus neil avastada uued juhtlõngad...
Meeskonna hiljutisim juhtum viib Brennani tagasi oma keskkooli Burtonsville’is, kus uuritakse koos Boothiga tuvastamata pealuu ja ülakeha avastamist. Angela abiga selgub, et tegu on Brennani klassikaaslasega, ning ühtlasi avastatakse võimalik seos 15 aastat varem toime pandud mõrvaga. Brennan ja Booth esitlevad end klassikokkutulekul abielupaarina, et tervet rida kahtlusaluseid küsitleda. Nagu võib aimata, saadakse Brennanist ka täiskasvanueas valesti aru ning tema ainus sõber on kahtlaselt sünge ja ebaharilik koristaja. Hodgins lobiseb aga labori saladuse välja.
Kui haikala kõhust avastatakse inimjäänused, kutsutakse Brennan ja Booth appi kadunud isikut tuvastama. Tõendusmaterjal viitab sellele, et ohver langes mitme kala saagiks, mis viib meeskonna Atlandi Akvaariumisse, kust on ühtäkki kadunud külalislektor ja tuntud eneseabi guru, kes peab jutluseid ookeani tervendavast mõjust. Samal ajal peavad Brennan ja Booth oma suhet lahti harutama, kui merebioloog Boothi vastu huvi üles näitab.
Kui rikka seikleja keha leitakse hotelli pesumasinast, juhatatakse Brennan ja Booth kohta, kus ohvrit viimati nähti: Rock’n’Rolli fantaasialaager. Brennan ja Booth juhivad juurdlust väljaspool laboriseinu ning Hodgins, Angela ja praktikant Arastoo kasutavad eelajaloolise mammuti kihva, mis leiti ühes säilmetega, ja Angela teadmisi muusikatööstusest, et leida seosed tõendusmaterjali ja potentsiaalsete kahtlustaluste vahel. Samal ajal otsib Cam oma tütrele Michelle’ile arsti.
Metsas põleb maha majake, millest leitakse kaks surnukeha – üks kuulub tänapäevasele nõiale ja teine pärineb Salemi nõiaprotsesside ajast. Nii satuvad Booth ja Brennan nõiakunsti maailma, et leida mõrtsukas. Samal ajal satuvad Angela ja Hodgins viimase hooletu sõidustiili tõttu vangi. Sweets ja praktikant Clark Edison kompavad aga tundmatul alal, et meeskond hädast päästa.
Hauakaevaja protsess puudutab meeskonnaliikmeid isiklikult ning kõigil tuleb Jeffersonianis ületunde teha, et paljastada asitõendidid, millega süüdimõistmist tingida.
Meeskond näeb vaeva, et paljastada juhtnöörid, mis on peidetud koguja poolt elu jooksul kõrvale pandud asjade hulka, et tema surma müsteerium lahendada. Angela isal on oma hiljutisele külaskäigule kindel selgitus ning Brennan ja Booth seisavad silmitsi ainukordsete võimalustega.
Brennan ja Booth sõidavad Londonisse, et pidada Oxfordis ja Scotland Yardis külalisloenguid. Kohalikud ametnikud paluvad neil uurida noore pärija mõrva; Angela abikaasa naaseb pärast pikka lahusolekut.
Brennan ja Booth nõustuvad pärast rikka ameeriklase tütre mõrva lahendamist Londonisse jääma, kui tapetakse üks nende inglise kolleegidest.
Välitualetist leitakse populaarse tõsielusaatejuhi poolkõdunenud laip ning Brennan ja Booth peavad leidma paljude kahtlusaluste seast mõrvari; Booth avastab, et Brennanil on paralleelselt kaks suhet.
Boothi poeg Parker leiab linnupesast sõrme ja meeskond hakkab otsima ülejäänud laipa; Booth palub Sweetsil teha oma pojale psühhoanalüüs; Sweets väljendab rahulolematust selle kohta, kuidas Hodgins laboris käitub.
Teismeline leiab lilla veega täidetud basseinist peata ja tükkideks raiutud laiba; meeskonnal ei õnnestu koguda mõrvari tabamiseks piisavalt tõendeid enne, kui neile annab nõu Zack, kes analüüsib samuti toimunut oma psühhiaatrilises raviasutuses.
Ebapopulaarse kontorijuhataja jäänused leitakse hoone lifitišahtist ning Booth ja Brennan asuvad otsima süüdlast; Angela ja Hodgings püüavad mõista nende suhtes toimunud muutusi.
Chesapeake’i lahest leitakse rinnaimplantaatide tükkidega skelett; pärast laiba alumise osa leidmist mõistab meeskond, et ohvri kohta on tehtud valesid järeldusi.
Booth ja Brennan uurivad teisaldatud autost leitud tuntud kunstniku laipa; mõrvas hakatakse kahtlustama Angelaga seotud naist.
Pettur suudab mõrvajuurdluse käigus uurijaid eksitada; Boothi noorem vend Jared asub tööle Pentagoni; Brennan nõustub minema koos Jarediga Valges Majas toimuvale üritusele.
Booth ja Brennan on teel Hiina, et tuvastada eelajaloolisi antropoloogilisi jäänuseid. Kui lennuki mikrolaineahjust leitakse läbiküpsetatud laip, tuleb neil õhus olles hakata lahendama mõrva.
Brennan ja Booth uurivad kaitsealusest metsast leitud kolpa ja muid inimluid; Brennani hiljuti õigeksmõistetud isa (Ryan O’Neal) leiab tööd õpetajana.
Madalast hauast leitakse siiami kaksikute jäänused; Booth ja Brennan infiltreeruvad tsirkusekogukonda, milles kaksikud töötasid žonglööridena.
Mees leiab koos oma pojaga tiigist külmunud laiba; Booth saab oma hoki-iidolilt väärt nõu.
Brennan saab koos meeskonnaga telefonikõne Hauakaevajalt, kes teatab neile, et Booth on elusalt maetud ja tal on hapnikku vaid 24 tunniks.
Meeskond alustab juurdlust ulmeentusiastide üritusel, kui üks selle naisosalejatest leitakse tapetuna.
Paar leiab benji-hüpet tehes kuristiku põhjast laiba; labor pannakse kinni, kui laibast hakkab immitsema tundmatut ollust.
Raseda 16-aastase sportlase laip leitakse linna libedatõrje autost soolakuhja alt. Booth ja Brennan avastavad seejärel, et pärast raseduspakti sõlmimist on ka tema meeskonnakaaslastest paljud sünnitanud või rasedaks jäänud.
Cami eksi poolsöödud laip leitakse loomaaia tiigripuurist. Booth ja Brennan on veendunud, et tegu polnud õnnetusega ja püüavad ühe kahtlusaluse (Chad Lowe) mälu hüpnoosi abil turgutada.
Booth ja Brennan uurivad prügikotist leitud purustatud inimjäänuseid; Angela isa (Billy F. Gibbons) soovib Hodginsile kätte maksta.
Papihunnikust leitakse kokkusurutud laip; Booth ja Brennan muutuvad kahtlustavaks, kui näevad Sweetsi tüdruksõpra koos teise mehega.
Booth ja Brennan püüavad leida mõrvarit ja motiivi, kui selgub, et metalibänd kasutab lavarekvisiidina inimese skeletti.
Brennan muutub kahtlustavaks, kui infarkti järel sureb järsult tema poliitiliselt väga konservatiivne kolleeg; Cam püüab veenda oma vastadopteeritud teismelist suitsetamisest loobuma.
Boothi sõber Ken Nakamura palub abi, kui ta õde jääb Washingtonis kadunuks.
Rivaalitseva ülikooli maskotikostüümist avastatakse üliõpilasorganisatsiooni liikme laip; Booth püüab aidata oma venda tööotsinguil.
Brennan ütleb Boothile, et soovib saada temaga last; paari nõustab Stewie Griffin (Seth MacFarlane).
Populaarsest ööklubist avastatakse laip, kõigist saavad kahtlusalused.
Bones otsib vastumeelselt Zackile asendajat. Ülekäigusillalt visatakse alla kolp ning see tabab sõidukit. On asitõendeid, et ohvri sõi ära kannibal.
Sarjas püüavad küüniline kohtuantropoloog Temperance Brennan ja ambitsioonikas FBI agent Seeley Booth oma teadmiste ja vahenditega juhtida ammuste, kuid seni lahendamata mõrvade uurimist. Neil tuleb tegemist teha kadunuks kuulutatud inimeste, poolenisti hävinud surnukehade ja muu sarnasega.
Hobumärkidega laip saadab Boothi ja Bonesi fetišitemaailma ning Angela nõustub hüpnoosiga, et avastada oma abikaasa nimi.
Söestunud laip viitab liiderlikule ökopõllumajandusmagnaadile.
Kahe mumifitseerunud tüdruku leidmine viib Boothi ja Bonesi uurima naljamaja, halloweeni-labürinti ja kiriku heategevusorganisatsiooni leidmaks juhtnööre, mis võivad neid viia ühe kadunud tüdruku vanemateni, kes usuvad, et nende tütar on surnud.
Üks Jeffersoniani internidest leitakse põletusahjust ning enamik instituudist arvab, et tegemist on sarimõrtsuka Gormogoni tööga.
Ajakapsli avamisel leitakse 20 aasta vanune surnukeha ning tähelepanu pöördub ohvri kaasõpilastele keskkoolist.
Gormogon ründab uuesti ning ta järjekordne käik on kodule lähemal. Russ naaseb, et astuda vastu tingimisaja rikkumistele, kui ta tüdruksõbra tütre tervis halveneb.
Brennan ja Booth uurivad ühe jõuluvana surma samal ajal, kui Bones üritab oma isale korraldada jõule, millistest ta alati unistanud on ning Booth lepib tõdemusega, et ei veeda pühasid Parkeriga.
Booth ja Brennan uurivad mootorrattavõidusõitja surma, kui võidusõidurajal toimub uus näiline õnnetus, mis pöörab meeskonna tähelepanu tiimiomanikele ja ajakirjanikele. Samal ajal manipuleerib Dr Sweets neid ühinema "seltskondliku väljasõiduga" koos tema ja ta tüdruksõbraga.
Tippsportlase laip leitakse Atlantic State Ülikooli spordisaali vaatetribüünide alt.
Beebi, kes elab imekombel üle kahtlase autoõnnetuse, mis tapab ta ema, jäetakse Boothi ja Bonesi hoolde, kes tema eest kuritööd uurides hoolt kannavad.
Brennani isa Max läheb FBI asedirektori Robert Kirby väidetava mõrva eest kohtu alla, mistõttu peavad kõik Jeffersoniani meeskonnast peale Brennani tunnistusi andma. Brennan, kaitsemeeskonna kohtuekspertiisi nõuandja, üritab meeleheitlikult oma isa süütust tõestada.
Brennan ja Booth uurivad algaja laulja mõrva ning Booth saab endale groupie.
Meeskonna südamed murduvad, kui nad tulistamise tagajärgedega tegelevad ning viimaks paljastuvad Gormogon ja ta Abiline.
Brennan kutsutakse rööbastelt mahajooksnud rongi juurde ja avastab, et tal on uus ülemus. Populaarset senaatorit vedanud rong sõitis teelt välja rööbastel olnud vaguni tõttu ja Brennan peab uurima, miks oli seal rikka ärimehe laip. Samas jätkab ta oma isa otsimist.
Raseda naise jäänused leitakse Delaware'i lahest. Ilmselt on tegemist palju kõmu tekitanud Carlie Richardsoniga, kes kadus jäljetult.
Kui mõrvatakse kodust põgenenud teismeline, kahtlustatakse kohe tema tüdruksõpra, kes põgenes teisest kasuperest. See pahandab Brennanit, kes on ka ise kasuperes sirgunud.
Brennan ja Booth võtavad mõõtu sarimõrvariga, et päästa teismelise tüdruku elu.
Booth ja Brennan uurivad topeltelu elanud mehe mõrva. Tuleb välja, et mehel oli kaks komplekti naisi ja lapsi.
Plahvatuse järel hotellis peab tiim uurima narkokartellisidemeid ning rabelema diplomaatilise immuniteediga.
Kui selgub, et kadunud iluduskuninganna on tapetud, keskendub juurdlus otsekohe tema vanematele.
Reis Vegasesse surnukeha tuvastama muutub keeruliseks, kui lähedusest leitakse üks palju hiljem tapetud mees.
Kui Hodgins ja Brennan elusalt maetakse, tähendab see võidujooksu ajaga. Röövija keeldub igasugustest läbirääkimistest.
Metsast leitakse noormehe ilma peata skelett. Brennan ja Booth puutuvad kokku kohaliku legendiga naisest, kellel 1780ndatel aastatel nõiana pea maha raiuti ja kes väidetavalt ikka metsas kummitab.
Booth ja Bones uurivad Bonesi isaga seotud mõrva. Zack teeb doktorikraadi ja laseb siis ennast totaalselt muuta, et professionaalsem välja näha.
Howard Eppsil õnnestub vanglast põgeneda ja ta hakkab Jeffersoniani tiimi liikmeid ükshaaval rajalt maha võtma. Samal ajal õrritab ta Brennanit juhtlõngadega nende päästmiseks.
Brennan pannakse paari teise FBI agendiga, et lahendada alligaatori kõhust leitud tudengi mõrv. Booth saadetakse aga psühholoogi juurde, sest ta tulistas jäätiseauto klounikujulist kõlarit.
Hodginsi vea tõttu võib mõrvar vabaks pääseda. Brennan uurib kohtamiste maailma ja Booth jätkab oma teraapiat.
Temperance valmistub oma uut raamatut reklaamima, kui hakatakse leidma surnukehi täpselt nii, nagu ta oma põnevusromaanis on seda kirjeldanud.
Bones kutsutakse mitu korda puhkuselt tagasi, kui leitakse ilma luudeta surnukeha. Sullyl on ettepanek.
Booth ja Brennan ristavad sarved katoliku kirikuga seotud juhtumi puhul. Hodginsil on ettepanek, kuidas tema ja Angela suhe muutuma peaks.
Booth uurib mõrtsukat, keda peetakse surnuks, kuid juurdlus võtab ohtliku pöörde. Brennan peab paluma abi ootamatust allikast.
Bones ja tema tiim peavad kindlaks tegema, kuidas üks mees karjamaal lapikuks muutus, kui vigastused ei klapi kuidagi teooriaga kuritööst.
Sisejulgeolek palub Bonesil uurida radioaktiivseid säilmeid. Kui selgub, et kiirituseohtu siiski pole, jääb painama küsimus, miks kokk mõrvati ja miks tema luud ikka läigivad.
Pulmade lähenedes uurib tiim väikese tüdruku elu ja surma. Bonesi isa ilmub välja perekonna reliikviaga ja sõnumiga Bonesi emalt.
Booth pöördub abi saamiseks Brennani poole, kui järve põhjast leitakse luukere jäänused. Jeffersoniani instituudi ekspertide abil teeb Brennan kindlaks, et tegu on ühe kongresmeni endise abilisega.
Kohviku ees plahvatab autopomm ning lisaks juhile saab surma mitu külastajat. Kuna auto kuulus USA valitsusega seotud Lähis-Ida mehele, kutsub agent Booth appi dr Brennani, et autojuhi isik kindlaks teha.
Eksklusiivse erakooli linnakust leitakse puu otsast Venezuela suursaadiku poja lagunenud laip. Dr Temperance Brennan ja agent Seeley Booth kutsutakse asja uurima, sest kuigi enesetapp näib ilmne, kahtlustavad mõlemad hoopis teist surmapõhjust.
Karu maost leitakse inimese käsivars ning Brennan ja Booth sõidavad Washingtoni asja uurima. Nad oltsivad väikelinnast juhtlõngu ning selgub, et tegu on rituaalse kannibalismiga.
Brennan näeb vaeva oma uue romaaniga, kuid siis saadab Booth teda otsima kadunuks jäänud 6-aastase Charlie säilmeid. Brennan teeb kindlaks, et Charliet rünnati enne mõrvamist seksuaalselt. Booth usub, et ta peab otsima saripedofiili.
Brennan ja Angela satuvad tantsuklubis kaklusesse, mille käigub puruneb sein ja päevavalgele tuleb mumifitseerunud surnukeha ja metamfetamiinikogus. Kui saab kinnitust, et tegu oli mõrvaga, asuvad Brennan ja Booth jälitama narkootikume ja raha Washingtoni klubides.
Surmamõistetud Howard Eppsil on jäänud 32 tundi surmasüstini 17-aastase April Wrighti tapmise eest. Eppsi advokaat Amy Morton pöördub viimasel hetkel Eppsi vahistanud Boothi poole ja palub asja uuesti uurida. Booth usub, et Epps on süüdi, ent tunnistab ka lahtiseid otsi.
Bones ja Booth uurivad külmkapist leitud kadunud naise lugu. Samal ajal soojendab Booth suhteid oma endise professoriga.
Ehitajad leiavad 1950ndate aastate varjendist luukere ja Jeffersoniani tiim kutsutakse seda tuvastama. Zack päästab konti lõigates kogemata valla surmava seene eosed, mistõttu terve tiim jõuludeks laborisse karantiini pannakse.
Dr Brennan ja FBI eriagent Booth sõidavad Los Angelesse tuvastama naist, kelle kehaosad leiti lennujaama lähedalt. Kohapeal on neile abiks noor FBI agent Finn, kes on liigagi innukas.
Autost leitakse naise põlenud surnukeha ja tundub, et tema laps on röövitud. Brennan ja Booth kahtlustavad lapse isa Carl Deckerit. Ent siis selgub, et Decker on tunnistajate kaitse programmis.
Eriagent Booth kutsub appi dr Brennani, kui kõrvaltänavast leitakse lagunenud surnukeha ja surmapõhjus on teadmata. Brennan püüab kindlaks teha, kas toime on pandud mõrv, kuid üksikasjad tõmbavad teda sügavamale sisse ja ta tahab tapja kindlasti leida.
Salvadorist pärit kambaliige peetakse kinni noore naise surnukehaga auto pakiruumis. Tema ülekuulamise ajal toimunud tulistamine annab aga kahtlusalusele võimaluse põgeneda.
Brennan ja Zack kutsutakse allakukkunud lennuki õnnetuspaika. Hukkunud on Hiina diplomaadid ja salapärane noor naine, kuid Brennan leiab kolm luukildu, mis ei pärine lennukist ja võivad olla seotud viie aasta eest kadunuks jäänud kohaliku mehega.
Brennan on restoranis kohtumas internetituttavaga, kuid pääseb napilt tulistamisest. Tema ja Booth üritavad tulistajat leida - kas see võis olla sama mees, kellega ta internetis tutvus?
Wahingtoni tunnelist leitakse noore dokumentalisti surnukeha. Brennan ja Booth peavad tungima tunnelite labürinti linna all ja neid hämmastab , et maa all on koguni kodutute varjupaikade võrgustik.
Kõrbesse puhkama sõitnud Angela palub Brennani abi pealuu tuvastamiseks. Angela pelgab, et tegu võib olla tema kallima Kirkiga, kes lahkus pildistamiselt ja on juba mitu päeva kadunud olnud.
300 aastat vana sõrmeluu lähedusest leitakse surnukeha. Booth ja Brennan uurivad sündmuspaika, kuhu võib olla peidetud piraatide aare.
Bones läheb Katrina järgsesse New Orleansi ja tegeleb seal voodoo-mõrvaga.
Noore tüdruku vähki uurides satuvad Brennan ja Booth luudega salakaubitseva võrgustiku jälile.
Booth ja Brennan uurivad meeleavaldaja enesetappu Arlingtoni surnuaial. Ent Brennani tiim avastab, et tegu oli mõrvaga ja ohver oli Iraagis teeninud sõdur, mitte sõja vastu protesteerija, nagu algul arvati.
Brennani ema leitakse Jeffersoniani laost, kus hoitakse tuvastamata säilmeid. Booth alustab FBI juurdlust tema tapja leidmiseks.
